Assim como acontece com os demais programas, ao promover a adesão do REFIS, o contribuinte precisa aguardar a fase de consolidação do parcelamento para que seus débitos fiscais sejam de fato considerados “parcelados” e deixem de ser atualizados mensalmente pela taxa Selic, composta por correção monetária e juros de mora.No REFIS da Crise, por um problema sistêmico, a fase de consolidação foi aberta com 20 meses de atraso, o que majorou o valor dos débitos incluídos no parcelamento especial. Assim, após ter seu débito atualizado para um valor 15,55% maior em razão do lapso temporal entre a adesão e a consolidação do REFIS, um contribuinte ingressou com ação judicial para expurgar os acréscimos incorridos a título de taxa Selic, demonstrando que tal encargo tem como finalidade a atualização dos débitos e penalidade àquele que cumpriu com sua obrigação a destempo, o que não havia ocorrido por parte do contribuinte, visto que a segunda fase (consolidação) corresponde a um ato de responsabilidade exclusiva da Receita Federal. Referida ação chegou ao Superior Tribunal de Justiça através do REsp nº 1.523.555, e em que pese ter havido divergência nos votos dos Ministros durante o julgamento, prevaleceu o voto do Ministro Relator Gurgel de Faria, da 1ª Turma do STJ, que apesar de reconhecer que a demora na abertura da fase de consolidação é ato exclusivo do Ente Público, não permitiu o afastamento da incidência dos juros de mora na atualização do débito, pois em virtude dos débitos federais serem todos atualizados por meio Taxa Selic (que possui os referidos juros incluídos em sua composição), o expurgo deste encargo importaria na criação de nova forma de atualização, benefício fiscal não previsto em lei.